Satuan Kerja Perangkat Daerah Kabupaten Jayapura
| No | Satuan Kerja |
| 1. | Sekretariat Daerah |
| 2. | Sekretariat DPRD |
| 3. | Sekretariat KPUD |
| 4. | Sekretariat KORPRI |
| 5. | Dinas-Dinas |
| 1) Dinas Kebudayaan dan Pariwisata | |
| 2) Dinas Kehutanan | |
| 3) Dinas Kelautan dan Perikanan | |
| 4) Dinas Kependudukan, Catatan Sipil dan Keluarga Berencana | |
| 5) Dinas Kesehatan | |
| 6) Dinas Pekerjaan Umum dan Perumahan | |
| 7) Dinas Pemuda dan Olahraga | |
| 8) Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Asset | |
| 9) Dinas Pendidikan | |
| 10) Dinas Perhubungan dan Komunikasi | |
| 11) Dinas Perindustrian, Perdagangan, Koperasi, Usaha Mikro, Kecil & Menengah | |
| 12) Dinas Perkebunan | |
| 13) Dinas Pertambangan dan Energi | |
| 14) Dinas Peternakan | |
| 15) Dinas Sosial, Tenaga Kerja dan Transmigrasi | |
| 16) Dinas Tanaman Pangan dan Holtikultura | |
| 6. | Badan-Badan |
| 1) Badan Kepegawaian Daerah | |
| 2) Badan Kesatuan Bangsa dan Lingkungan Masyarakat | |
| 3) Badan Koordinasi Pemerintahan & Pemb. Kab. Jayapura Wilayah Dafonsoro | |
| 4) Badan Koordinasi Pemerintahan & Pemb. Kab. Jayapura Wilayah Grime Nawa | |
| 5) Badan Lingkungan Hidup Daerah | |
| 6) Badan Pelaksana Penyuluhan Pertanian, Perikanan dan Kehutanan | |
| 7) Badan Pemberdayaan Masyarakat dan Pemerintahan Kampung | |
| 8) Badan Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Keluarga Berencana | |
| 9) Badan Penelitian dan Pengembangan Daerah | |
| 10) Badan Perencanaan dan Pembangunan Daerah | |
| 7. | Kantor-Kantor |
| 1) Kantor Ketahanan Pangan | |
| 2) Kantor Pelayanan Perizinan Terpadu | |
| 3) Kantor Pengolahan Data Elektronik, Perpustakaan, Arsip dan Dokumentasi | |
| 4) Satuan Polisi Pamong Praja | |
| 8. | Distrik-Distrik |
| 9. | Inspektorat |
| 10. | Rumah Sakit Umum Daerah Yowari |
