Pemerintah Kabupaten Jayapura didalam menyelenggarakan roda pemerintahan daerah telah menetapkan Visi dan Misi sebagai berikut :
VISI
Visi Kabupaten Jayapura yang telah dirumuskan oleh Bupati dan Wakil Bupati terpilih periode 2007 – 20011 adalah ” Terwujudnya Masyarakat Jayapura Yang Mandiri Dalam Memenuhi Kebutuhan Dasarnya ”
Ciri kemandirian yang hendak dicapai di Kabupaten Jayapura adalah:
1. Masyarakat sebagai subyek pembangunan dan berperan aktif dalam pembangunan
2. Masyarakat mempunyai pendapatan yang tetap
3. Memiliki kepercayaan diri yang tinggi
4. Mampu bermitra / bekerjasama dengan pihak lain
5. Masyarakat memiliki kematangan spiritual.
MISI
Misi ini memuat rumusan umum mengenai upaya - upaya yang akan dilaksanakan untuk mewujudkan Visi yang telah dirumuskan. Berdasarkan Visi di atas maka dirumuskan Misi Kabupaten Jayapura Tahun 2007 – 20011 sebagai berikut :
1. Melindung Hak – Hak Dasar Masayarakat Kabupaten Jayapura
Hak dasar adalah hak sebagai warga negara yang wajib di lindungi oleh negara, terdapat 10 hak dasar yang wajib dilindungi negara sesuai ketentuan Persekutuan Bangsa – Bangsa ( PBB ) bagi negara – negara anggota PBB yaitu: Hak memperoleh pekerjaan dan berusaha, Hak memperoleh pangan, Hak memperolah pelayanan kesehatan, Hak memperoleh pendidikan, Hak memperoleh rasa aman, Hak memperoleh perumahan, Hak memperoleh air bersih dan sanitasi, Hak atas tanah, Hak atas sumber daya alam dan lingkungan hidup dan Hak untuk berpartisi dalam pengambilan keputusan. UU. No. 21 tentang Otonomi Khusus ditetapkan hak dasar masyarakat sebagai kebutuhan prioritas yang harus dipenuhi masyarakat di tanah Papua yaitu : Hak atas Pendidikan, Hak atas Kesehatan, Hak atas Ekonomi, Hak atas pengembangan infrastruktur.masyarakat adalah apa yang disebut dengan 10 hak dasar masyarakat. Dalam Otonomi Khusus hak dasar utama orang Papua adalah kebutuhan akan pendidikan, kesehatan, ekonomi dan infrastruktur.
2. Memfasilitasi Pemenuhan Kebutuhan Dasar Masyarakat
Kebutuhan dasar masyarakat adalah apa yang disebut dengan 10 hak dasar masyarakat. Dalam Otonomi Khusus hak dasar utama orang Papua adalah kebutuhan akan pendidikan, kesehatan, ekonomi dan infrastruktur. pengembangan infrastruktur.masyarakat adalah apa yang disebut dengan 10 hak dasar masyarakat. Dalam Otonomi Khusus hak dasar utama orang Papua adalah kebutuhan akan pendidikan, kesehatan, ekonomi dan infrastruktur.3. Mengembangkan Sumberdaya Manusia Masyarakat
Untuk memenuhi kebutuhan dasar masyarakat itu , maka masyarakat diorganisir dan ditingkatkan kemampuan dan keterampilan sesuai dengan potensi wilayah dan pengalaman hidup. Dengan pengorganisasian masyarakat dalam wadah – wadah sesuai potensi dan peran mereka, maka akan mudah dalam memberikan pelayanan kepada masyarakat sesuai kebutuhan mereka.4. Mengembangkan Sumber Daya Manusia Aparatur Pemerintah.
Untuk mewujudkan visi dan misi, maka dibutuhkan penataan dan pengembangan sumberdaya pemerintahan seperti peningkatan kapasitas Aparatur penataan dan penguatan kelembagaan, optimalisasi program, dana dan peralatannya. Semuanya sebagai upaya peningkatan pelayanan publik yang lebih bermutu dan pelenggaraan pemerintahan yang bersih dari unsur – unsur penyalagunaan kekuasaan.5. Mengatur Pemanfaatan Sumberdaya Alam Yang Lestari dan berkelanjutan.
Untuk Mencegah terjadinya kerusakan sumber daya alam dan lingkungan hidupserta menghindari kepunahan keragaman hayati maka perlu dirumuskan kebijakan – kebijakan pengelolaan sumber daya alam secara lestari dan berkelanjutan. Pembangunan ekonomi diarahkan pada pemanfaatan jasa lingkungan yang ramah sehingga menghindari degradasi dan pencemaran. Masyarakat adat sebagai penguasa hak ulayat memiliki hak – hak atas pembangunan termasuk hak untuk mengelola sumberdaya alam yang ada dalam hak ulayatnya, sehingga pengelolaan sumberdaya dapat memberikan nilai ekonomi yang bermanfaat dan berkelanjutan bagi masyarakat.
