Selain itu sistem pemukiman di Kabupaten Jayapura di bagi menjadi 2 (dua) yakni: sistim pemukiman di wilayah perkotaan dan sistem pemukiman di wilayah pedesaan. Pada umumnya sistem pemukiman di wilayah perkotaan itu berada pada pusat pemerintahan, kawasan pelabuhan dan kawasan perikanan dimana ases transportasi terpenuhi untuk menjangkau satu wilayah dengan wilayah yang lain.
Pemukiman di wilayah perkotaan ini meliputi Distrik Sentani, Waibu, Sentani Barat, Sentani Timur. Namun ada juga pemukiman perkotaan yang bersifat pemukiman desa seperti Distrik Depapre dan Distrik Demta yang merupakan kawasan perikanan laut. Sedangkan pemukiman pedesaan/kampung ini meliputi pemukiman trasmigrasi, pemukiman tradisonal dan pemukiman perusahaan. Pemukiman transmigrasi merupakan pemukiman yang telah di tata dengan kawasan pertanian dan beberapa fasilitas lainnya sedangkan pemukiman tradional adalah pemukiman berdasarkan pengelompokan suku dan mempunyai tatanan sendiri. Pemukiman perusahaan adalah pemukiman yang berada dekat wilayah industri perusahaan.

Dengan demikian untuk menata pemukiman pedesaan khususnya pemukiman tradisional maka pemerintah telah melakukan survey rumah layak huni pada tahun 2006 guna menata dan memperbaiki perumahan sesuai dengan pola pembangunan di Kabupaten Jayapura lewat Pemberdayaan Kampung. Hasil data rumah layak huni dapat di lihat pada tabel berikut ini.